奧本海默(左)與戈洛弗士將軍(右)視察第一顆原子彈試炸後被毀的鐵塔

雖然在公文和法定術語上，原子彈計畫稱為曼哈頓區(Manhattan District)而不常說其全名曼哈頓工程區，但「曼哈頓計畫」卻是在公文術語上常見到普遍的不同用語。

自從陸軍工程隊全權負責原子彈計畫，而工程隊又分為若干區，很自然地在工程隊內要新設機構去管理這計畫，即要指定新的工程區。區的名稱通常是依所在地的城市命名，馬歇爾上校(James Marshall)最初負責建立機構的組織結構，他即為西那庫斯(Syracuse)區的主管。

曼哈頓區的命名選擇是馬歇爾和戈洛弗士上校(Leslie Groves)會晤時所作的決定，戈洛弗士後來擔任整個計畫的總指揮。他說：「經過討論後，我們考慮到用諾克斯菲(Knoxville)的可能性，後來決定用曼哈頓，因為馬歇爾的主要辦公室將先設在紐約市。」

戈洛弗士(圖3.5)所指的辦公室是在百老匯270號，非常靠近紐約市政府大廈，跨過街道有一個公園係紀念居里夫人。數月後曼哈頓總部移至田納西州橡嶺(Oak Ridge)的一座建築物稱為城堡(Castle)，取自工程隊以城堡作為標誌。起初馬歇爾辯稱此計畫應稱為取代材料的研發(Development of Substitute Materials, DSM)，但卻遭戈洛弗士否決，因恐會引起太多的猜疑。儘管戈洛弗士反對，原子彈計畫同時被稱為DSM或曼哈頓計畫至少有一段時期。